Le Soudan a connu la guerre civile depuis son indépendance de la Grande Bretagne et de l’Egypte en 1956, à l’exception d’une interruption d’une dizaine d’années. La guerre prend ses origines dans la domination économique, politique et sociale de la population non musulmane et non arabe du Sud du pays. Les racines du conflit furent longtemps expliquées et simplifiées par les différences religieuses, culturelles et raciales entre le Nord et le Sud du Soudan.

La guerre fut extrêmement violente et des atrocités furent commises à grande échelle. Au début des années 90, le conflit s’étend au Nord vers les montagnes Noubas et le Nil bleu. En 20 ans, la guerre et la famine jettent 4 millions de personnes sur les routes et tuent, selon les estimations des rebelles, 2 millions de personnes.

En Janvier 2005, Nord et Sud Soudan signent un accord de paix globale (Comprehensive Peace Agreement, CPA) et les Nations Unies déploient une force de paix au Sud Soudan. Le CPA donne l’indépendance au Sud du pays pour une période de 6 ans à l’issue de laquelle un référendum sur la sécession est prévu en 2011. Le conflit qui éclata dans la région du Darfour en 2003 provoqua le déplacement de 2 millions de personnes et causa 200.000 à 400.000 morts. Le contrôle de la région du Darfour initialement sous l’autorité de L’Union Africaine passa sous commande des Nations Unies en Décembre 2007.